一个全抗体典型的分为Fv和Fc两个功能区，其中Fv用来帮定抗原，Fc用来帮定一些效应细胞上的受体，比如ADCC，CDC，提高抗体的半衰期。Fv又包括框架区（framework）和互补决定区（CDR），CDR又分1，2，3 三个区，framework分1，2，3，4 四个区。为抗体建模的目前有如下用处，1）抗体人源化，抗体人源化的实质就是把鼠抗上的和人体不兼容的氨基酸组合突变成人源的，突变的方法很多，关键是你怎么评估你的突变是对抗体的结构和功能没有巨大的影响，如果有抗体的3d模型，这个问题就可以解决了；2）亲和力成熟，基于抗体结构模型的亲和力成熟可以提高实验的针对性，简化实验步骤和时间。Rosetta是一个很著名的大分子建模软件，对抗体的建模Rosetta开发组也提供了Web服务器供大家使用，但是由于抗体建模的人越来越多，排队的时间也越来越长了，同时由于他们的网站使用了一些google的资源，对一些中国用户会出现一些异常。求人不如求已，今天就说说怎么用rosetta在本地服务器上建抗体模型。

Rosetta是华盛顿大学David baker实验室开放的一个结构生物学软件包，它可以用来对生物大分子进行3D建模，结构设计。兄弟觉得它的特长在于设计，比如对蛋白质进行改性。很多人 问我这个软件预测结构准不准，其实，不准才是Rosetta的最大优势，各位试想，自然界的蛋白质哪一个是结构固定不变的，我们常看到的X-ray衍射得 到的结构只是蛋白质的一个常用构像。rosetta的结构优化大多采用了带有随机过程的算法，比如遗传算法，模拟退火等，所以rosetta每次预测的结 果都是不同的。在实际应用中，比如我们想让一个蛋白质（ligand）和另一个蛋白质（receptor）之间帮的更紧，我们可以用rosetta对这两 个蛋白质做10000次对接（docking）预测，然后对得到的结构进行排序（结合能），取前100名进行实验确认，那我们就比只做一个预测的成功率高 很多。有人会说，你这不是瞎扯吗，做100个得多少钱啊，时代不同啦，现在的筛选技术，比如噬菌体展示，酵母表面展示，高通量基因合成让这些问题都不在是 问题，不但不是问题，而且他们之间还很互补，看看baker实验室发那么多nature，science，我想我们应该有所启发。说了这么多，都是个人见 解，入正体：